Sorge di fianco al Duomo e per la sua forma esterna venne spesso erroneamente indicata come Battistero. Invece la chiesa di Santa Chiara, edificata all'inizio del 1500, era annessa all'omonimo e coetaneo Monastero delle Clarisse. L'edificio ha forma ottagonale, con due ordini di logge formate da archi sorretti da pilastri e capitelli. Addossato però a quest'edificio aperto al pubblico, dietro all'altare in altri tempi maggiore esiste un'altra aula rettangolare, non evidente dall'esterno: è la chiesa monastica ad uso delle Clarisse, comunicante con la prima attraverso una grata e finestrelle. La chiesa monastica aveva un altro altare addossato al muro comune; è abbondantemente decorata di affreschi in parte danneggiati. Alle pareti laterali erano appoggiati gli scanni delle monache, che nelle epoche di maggior attività del monastero erano oltre quaranta, provenienti in buona parte da distinte famiglie locali.
Soppresso il convento dal governo asburgico nel 1782, vi vennero trasferiti gli orfanotrofi femminile e maschile; la chiesa pubblica passò in proprietà al nuovo Ente. In occasione della costruzione del nuovo Duomo venne mutato l'accesso, che ora avviene in corrispondenza ad una cappella laterale. Utilizzata a lungo come sussidiaria della vicina parrocchiale, recentemente venne chiusa al culto. Le opere pittoriche sono state restaurate, unitamente ad un seicentesco piccolo organo portativo, mentre l'ex convento, chiusi gli Orfanotrofi, è ora sede di istituzioni e attività culturali.
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